Pixen est à la fois un logiciel dédié au pixel art mais aussi un outil d'animation (NB: Il m'a personnellement servi à réaliser les mouvements des sprites sur le jeu Space Time Reconquista).
Très simples d'usage, il gère parfaitement les calques et la transparence. Son seul défaut : des algorithmes de redimensionnement un peu limités à mon goût.